Was heißt "anscheinend werden ..."?
Daten klont man in der Regel nicht, sondern Partitionen oder den ganzen Datenträger.
Ein Bootfähiger Datenträger mit Windows-Installation im UEFI-Modus inkl. Bootmanager hat außer "C" (und vlt. noch "D") noch mind. drei weitere Partitionen, die im Explorer nicht auftauchen. Bei OEM kann's mehr sein.
Das sieht in der Datenträgerverwaltung, oder mit diskpart, etwa so aus, wenn das Windows darauf gerade hochgefahren ist (Bsp von meinem Windows 10):
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