Mann o Mann
Wenn man einen PC baut geht man mit etwas Logik vor, die Graka ist zB. das Letzte was ich einbauen würde, da sie, wie du gemerkt hast, vielen anderen Dingen im Weg ist.
Ich mache es immer so, das ich zuerst die CPU und den Kühler montiere, eventuell gleich den RAM installiere. Dann wird das NT installiert, damit gleich alle Kabel vorhanden sind. Den 8 PIN schließe ich meist schon vor dem Einbau des Boards an, je nach Platzverhältnissen. Dann eben das Board einbauen und alle Kabel anschließen. Danach kommen die Kleinigkeiten wie SSDs, HDDs und andere Laufwerke, wieder alles verkabeln und zuletzt die Graka und andere Steckkarten.
Was ist denn an den SATA Anschlüssen so schwer?
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Erstmal, nicht den SATA Express Stecker benutzen sondern die SATA 6G Anschlüsse, davon hast du 6 Stück. Die SSD kommt an den ersten Steckplatz, dann folgen die HDDs und das Optische Laufwerk.
Die Lüfter des Noctua sollen auch nach hinten, in Richtung hinterem Gehäuselüfter, blasen.
Mach dir erstmal um die CPU Temp keine Gedanken.