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So wie ich das verstehe ist einfach in den Energiespareinstellungen das automatische Ausschalten der HDD aktiviert (wenn du Win mit der SSD neu installiert hast könnte es also tatsächlich erst seit der Neuinstallation auftreten, weil das Abschalten vorher vielleicht deaktiviert war).
Bei einem Zugriff muss die Festplatte dann erst wieder hochfahren, was die Geräusche verursacht und auch die Verzögerung für ein paar Sekunden.