Ich hatte mal ein ziemlich ähnliches Problem.
Meine Bootplatte ist ein GPT-volume ( 3 Partitions, eine davon ist die eigentliche große für system und userdaten). Irgendwie ist da etwas durcheinander gekommen, und windows-update wollte immer etwas auf der D:-Platte schreiben, obwohl ich dort von Windows genau nix hatte.
Ein Forumsmitglied (Tekkie Boy, falls es ihn noch gibt), hat mir damals geholfen, indem er mit mir die C:-Platte bereinigt hat ( mit bcdedit erst mal anzeigen und dann mit diskpart die Bereinigung durchführen). Und siehe da, hat seither alles wunderbar funktioniert. Voraussetzung war ein USB-Stick mit der neuesten Windows-version, der mit Media-creation-Tool erzeugt wurde.
Grob: USB-stick erzeugen--> virenschutz deinstallieren ( wird nachher wieder installiert) ---> booten vonUSB-Stick -> bei Sprachauswahl-Screen auf shift-F10 dürcken--> eingabeaufforderungm erscheint ---> und dann mit diskpart die vorhandenen Partitions anzeigen und reparieren ( bei mir war die System-Partition mit ca. 480 MB wurmig, wurde gelöscht , neu angelegt, formatiert) ----> nachher normal Windows starten ( wie immer, von der Platte, also nicht vom USB-stick)---> dann auf dem USB-stick setup aufrufen ---> voila, update war erfolgreich.
Ich habe zwar alles aufgeschrieben , aber auch wenn bei dir etwas Ähnliches falsch ist, kenne ich mich nicht genug aus, um das zu erklären. Vielleicht gibt's jemanden, der dir dabei helfen kann.