Beide Systeme haben ihre Vor- und nachteile. Tauscht man jedes Mal den Druckkopf mit aus, ersetzt man logischerweise defekte oder verstopfe Düsen. Des Weiteren sind solche Patronen mit integriertem Druckkopf unempfindlicher gegenüber Eintrocknen. Daher verzichten Geräte mit solchen Patronen auf automatische Reinigungen und der Drucker ist schneller betriebsbereit und es geht keine Tinte für Druckkopfreinigungen verloren. Der Nachteil des Systems ist in den hohen Preisen der Patronen zu sehen, weil jedes Mal nicht nur Tinte, sondern auch Technik (Druckkopf) erworben wird.
Hier liegt auch genau der (Kosten-)Vorteil eines Permanentdruckkopfsystems. Es wird beim Patronenkauf lediglich ein Tintentank/ Tintenvorrat erworben. Der Nachteil ist in automatischen und regelmäßigen Druckkopfreinigungen zu sehen, die umso intensiver ausfallen, desto seltener das Gerät benutzt wird. Zum Reinigen wird die Tinte verwendet und zwar alle Farben, selbst wenn man immer nur schwarz druckt. Viele Drucker mit dieser Drucktechnik vollziehen die Reinigung beim Einschalten, sodass man vor dem ersten Druck einige Wartezeit in kauf nehmen muss. Sollte ein Drucker mit festem Druckkopf mehere Monate unbenutzt bleiben, können sich die Düsen irreversibel zu setzen, was einem Totalschaden gleichzusetzen ist. Häufig besitzt ein Drucker mit Permanentdruckkopf auch Einzelpatronen, was aber kein Muss ist, wie ältere Canon- und Epson-Modelle sowie die aktuellen Kodak-Modelle zeigen. Der Einsatz von Einzelpatronen kann die Druckkosten nochmals senken, insbesondere beim Fotodruck.
