MechJeb kannst du natürlich auch ohne Autopiloten verwenden und dir zB nur die Stats deiner Rakete (DeltaV und Masse pro Stufe) anzeigen oder Manöver planen lassen aber dann selbst ausführen.
Wenn du die Rotation nicht unter Kontrolle bekommst dann hast du zu wenige SAS fähige Komponenten verbaut, die der Rotation entgegenwirken:
http://wiki.kerbalspaceprogram.com/wiki/Parts#Command_and_Control
(Reacton Wheel, Stabilizer, Large Reaction Wheel - und natürlich SAS mit 'T' permament aktivieren, du kannst es trotzdem jederzeit mit eigenen Inputs überschreiben)
Während des Flugs siehst du links unten wie stark das onboard-SAS-system bzw. die Kontrollflächen und Gimballs der Triebwerke gegen die Rotation und Neigung der Rakete gegenarbeiten*. Wenn einer oder mehrere dieser kleinen "Regler" voll am Anschlag sind (ohne dass von dir ein Input kommt), dann bedeutet dies, dass entweder nicht genug Schwungräder & Thruster zur Verfügung stehen bzw. nicht genug Power haben, oder sie schlicht an den falschen Stellen platziert wurden. Damit ein Thruster seine maximale (Hebel-)Wirkung entfalten kann muss er so weit wie möglich von Massenzentrum entfernt sein (sofern man eine Rotation um das Massenzentrum ausführen will. Für eine reine Translation ["seitwärtsbewegung"] ist die Hebelwirkung dagegen nicht so wichtig bzw. muss sogar verschwindend gering sein [dh Thruster auf beiden Seiten des Schwerpunkts!]**)
*Vorausgesetzt, es ist eine SAS-fähige Komponente verbaut und SAS ist aktiviert (der SAS Status wird rechts oberhalb des Nav-Balls angezeigt).
**ganz im ernst, KSP hat mich zurück ins Grundstudium Physik versetzt. Hebelwirkung, Drehmomente, Raketengleichung, Umlaufbahnen, Gravitation und und und... und trotzdem hab ich am Anfang natürlich alles falsch gemacht
und mich zB gewundert warum ich mit einem Linear RCS Port direkt am Schwerpunkt keine Rotationsbewegung ausführen kann.