...und wie soll dann der Workflow aussehen, wenn Du die annotierten PDFs auf anderen Geräten - bsp. einem PC - weiter nutzen und ggf. weiter annotieren willst?
Das Thema iPad und PDF ist m.W. ein einziger Murks, fern jeder Alltagspraxis, zumindest in dem Umfeld das ich kenne.
Wie lösen andere das Problem? Sie nehmen ein Windows-Tablet (z.B. ein Surface Pro 4), richten dort ihren Datei-Synchronisationsdienst ein (z.B. Nextcloud) und synchronisieren darüber nicht nur ihre annotieren PDFs, sondern auch gleich die Bibliographiedatenbank, mit der diese verwaltet werden. Die Surface-Geräte bringen zum Annotieren schon geeignete Software mit (DrawBoard PDF), als Bibliographie-Tool zur Verwaltung kann man z.B. Zotero nehmen...