Da Untersuchungen eine paranormale Verbindung zum Ziel nahelegten, wurde die Sondereinheit First Encounter Assault Recon mit der Verhaftung von Paxton Fettel beauftragt. Das Delta-Einsatzkommando der Spezialkräfte wurde zur taktischen Hilfestellung mit entsandt.
Fettel, das Produkt eines Klon-Experiments der Armacham Technologies Corporation mit dem Namen Projekt Origin, ist Berichten zufolge aus seiner Zelle entkommen und hat die psychische Kontrolle über eine Armee ebenfalls von ATC geschaffener sogenannter „Replika“-Soldaten übernommen. Hannibal-3-Satelliten haben Aufnahmen einer Replika-Kompanie in der Nähe des South River-Klärwerks gemacht; Signale von Fettels Senderimplantat (Signalfrequenz durch ATC zur Verfügung gestellt) wurden kurz darauf aus der Gegend aufgefangen. Es kam zu Kampfhandlungen, wobei das Delta-Team schwere Verluste hinnehmen musste und sich zurückzog.
Das F.E.A.R.-Team identifizierte eine im Distrikt Auburn gefundene, teilweise ausgeschlachtete Leiche als den ATC-Angestellten Charles Habegger. Das Team verfolgte Fettel in das ATC-HQ, wobei es an verschiedenen Stellen auf dem Unternehmensgebiet zu Kampfhandlungen mit dem Feind kam. Delta erlitt weitere Verluste. In zahlreichen Fällen wurde das Fleisch vom Gebein herunter verflüssigt. Der Vorgang ist noch nicht geklärt. Im Verlauf der Mission erlebte der F.E.A.R.-Point Man brutale, wiederkehrende Halluzinationen, in denen ihm ein kleines Mädchen mit langem, dunklem Haar nachstellte. Vor diesen Visionen wurde oft eine Funkübertragung unbekannter Herkunft empfangen (die Übertragungen wurden später von F.E.A.R.-Kommissar Betters bestätigt). Eine Geisel, identifiziert als Angestellter Aldus Bishop, wurde auf dem ATC-Gelände gefunden.
Ihm war C4 vor die Brust geschnallt worden. Das Sprengmaterial wurde durch Deltas Sprengstoffspezialisten Sgt. Holiday entschärft. Die Geisel gab an, von Fettel bezüglich des Aufenthaltsorts des ATC-Angestellten Harlan Wade verhört worden zu sein. Das Team fand Hinweise darauf, dass zahlreiche ATC-Angestellte hingerichtet worden waren. Bishop wurde später durch ATC-Sicherheitskräfte während seiner Evakuierung im Helikopter ermordet, wahrscheinlich auf Befehl der Präsidentin Genevieve Aristide, die die Vorgänge um Projekt Origin wohl vertuschen wollte. Es wurde geschlossen, dass Paxton Fettel sich “nach oben durcharbeitete” und alle für Origin, des Experiments, dessen Produkt er war, verantwortlichen ATC-Angestellten umbrachte. Ganz oben auf der Liste stand Forschungsleiter Harlan Wade. Die ATC-Angestellte Alice Wade, Harlans Tochter, wurde lebendig in einem Verwaltungsgebäude gefunden. Sie schien sich des vollen Umfangs der grausigen Projekte, für die ihr Vater verantwortlich zeichnete, nicht bewusst zu sein. Alice wurde in Schutzhaft genommen, aus der sie floh und sich auf die Suche nach ihm machte. Sie wurde von Fettel gefangen, getötet und teilweise ausgeschlachtet. Fettel aß scheinbar das Fleisch seiner Opfer, um “deren Wissen zu erlangen”. Weitere Erkundungen ergaben, dass Paxton Fettel tatsächlich das Kind eines mächtigen Mediums namens Alma war – des kleinen Mädchens, das während der Mission im Verstand des Point Man spukte. Im Rahmen eines in den 70ern durchgeführten Experiments, bei dem telepathisch begabte Super-Soldaten erschaffen werden sollte, hatte Harlan Wade seine eigene, sieben Jahre alte Tochter Alma in einer geheimen Anlage des Unternehmens in ein künstliches Koma versetzt, um so ihre psychischen Kräfte zu kontrollieren. Im Alter von 15 Jahren befruchtete er sie künstlich, was zur Geburt des ersten von zwei "Prototypen" führte.
Der erste Prototyp galt als “Fehlschlag”, doch kurz darauf wurde ein zweiter Prototyp erschaffen –Paxton Fettel. Der Point Man folgte Fettel bis in das geheime Verlies der Origin-Einrichtungen, wo dieser nach seiner Mutter Alma suchen sollte – obwohl diese vor Jahrzehnten von ihrem Lebenserhaltungssystem getrennt worden und gestorben war. Kurz nachdem er die Origin-Anlage betrat, brach der Kontakt zum Point Man und dem verbleibenden F.E.A.R.-Team ab. Nun wurden Michael Becket und sein Team entsandt. Ihr Auftrag ist es, die ATC-Präsidentin Aristide festzunehmen. Kurz nach ihrer Entsendung kam es zu einer massiven Explosion in den Origin-Einrichtungen. Die Druckwelle war viele Kilometer außerhalb des Distrikts Auburn spürbar; in der Gegend wurden direkt im Anschluss zahlreiche paranormale Aktivitäten berichtet. Paxton Fettels aktueller Status ist unbekannt; allerdings wird gegenwärtig angenommen, dass er entweder durch die Explosion oder den Point Man getötet wurde. Der aktuelle Status des Point Man, des technischen Offiziers von F.E.A.R., Jin Sun-Kwon, und des Delta-Sgt. Douglas Holiday sind ebenso unbekannt.