Du musst darauf achten nach den Angaben der Modseite bzw. des Modautors mods zu deinstallieren. Einfach eine mod zu deaktivieren und dann neu speichern sorgt zwar dafür, dass die Meldung/Warnung verschwindet, aber das heißt nicht, dass die mod auch deinstalliert wurde wie sie es evtl. nötig gehabt hätte. In Skyrim werde andere Infos in die Speicherstände mitgeschrieben als noch in alten Bethesdaspielen. Darum kann es zu Problemen kommen durch falsche deinstallation. Es gibt auch mods, die sollte man, nachdem man sie einmal installiert hat, gar nicht mehr deinstallieren (bei denen bleiben immer! Reste im Speicherstand).
Also es könnte sein, dass deine loadorder nicht mehr korrekt ist (bsp. könnte eine Datei eine andere benötigen, die aber nicht mehr da ist oder die Reihenfolge stimmt nicht mehr) oder dein Speicherstand macht Probleme. Ersteres kannst du durch
TES5Edit überprüfen. Installieren, starten, ok clicken (Haken müssen gesetzt sein bei den mods die du nutzt (standardmäßig i.d.R. der Fall) und laden lassen. Bricht es mit Fehlermeldung ab, dann kannst du sehen bei welcher mod in der Reihenfolge es nicht mehr passt. Lädt es alles und die Meldung "[00:18] Background Loader: finished" o.ä. kommt, dann hast du mit der loadorder eher kein Problem (zumindest nicht was fehlende .esp/.esm Dateien angeht).
Skyrim Crash on Startup FIX : Part 1 (Troubleshooting your Load Order) dürfte auch hilfreich sein zum ansehen.
Probs kann es noch durch Inkompatibilität in der loadorder geben, aber wenn du in der loadorder nichts verändert hast und nur die deinstallierte mod fehlt, sollte das eher weniger das Problem sein.
Hat dein Speicherstand ´ne Macke, dann hast du leider Pech gehabt. Dann greif auf dein letzten Speicherstand zurück, der nicht abschmiert und spiel mit dem weiter. Falls du aber wieder was deinstallierst, erst die readme/Beschreibung der mod durchlesen ob a) eine deinstallation möglich ist und b) wie diese durchzuführen ist.
Was noch möglich wäre ist ein Absturz, weil du über die 3,1 (oder 3,6?) GB Speichergrenze von Skyrim gekommen bist und das sich zufälligerweise und blöderweise mit der deinstallation einfach zeitpunktmäßig überschnitten hat. Kommt man über diesen Wert crasht Skyrim sofort, egal wie und was man laufen hat, es crasht. Hier hilft
CTD and Memory patch ENBoost. Hast du jetzt nur wenige mods laufen, dann ist das Problem eher nicht gegeben. Trotzdem ist ENBoost hilfreich, würde ich empfehlen für Skyrim.
Das sind die Sachen, die mir jetzt mal so einfallen. Vielleicht hab ich was vergessen und jemand anderes kann dann ja ergänzen.