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Was die Anzahl der PCIe (und PCI) Slots angeht, sind die mATX eigentlich alle schlechter als die ATX bestückt, weil die Platine ja kleiner ist und genau bei den Slots fehlt eben der Platz gegenüber ATX.
Die Frage muss man aber vor allem aufgrund des Gehäuses beantworten, denn mATX passen auch in ATX Gehäuse, aber nicht umgekehrt. Wenn man also ein Gehäuse für mATX hat, dann muss man auch ein mATX Board wählen, bei einem Gehäuse wo auch ATX passt, hat man die freie Auswahl und müsste dann konkret entscheiden, ob diese oder jenes Board einem besser gefällt.
Damit war eher die allgemeine Leistung gemeint. Die geringer Slotanzahl der matx Bretter sticht doch sofort ins Auge. Ansonsten gibt es durchaus matx Platinen, die ähnlich gut ausgestattet sind, wie große Bretter.
Für die Leistung sind die CPU, der Chipsatz und teilsweise noch das BIOS zuständig. Die CPUs und Chipsätze sind die gleichen, egal ob mATX oder ATX, von daher kann der Formfaktor des Boards gar keinen Einfluss auf die Leistung haben und hat es auch nie gehabt. Der Unterschied ist eben die Anzahl der Slots und vielleicht die der Onboard Zusatzcontroller, nicht mehr und nicht weniger! Das war aber nie anders.