Die Samsung Platte, auf der das Systemlaufwerk C: ist, hat einen schwebenden Sektor (deshalb auch CDI "Vorsicht").
Ein schwebender Sektor ist im Prinzip nicht schlimm, kann aber schon mal einen Lesefehler und damit Hänger verursachen. Da du sowieso die Systemplatte bald gegen eine SSD tauschen willst, bietet es sich an, die HDD dann komplett zu formatieren (keine Schnellformatierung, den Haken rausnehmen!).
Damit wird die Platte komplett überschrieben und der schwebende Sektor geprüft - entweder, er geht wieder, oder er wir aussortiert.
In Zukunft diese Platte dann immer im Auge behalten, ob mehr schwebende Sektoren dazu kommen (wobei man das bei einwandfreien Platten auch immer machen sollte, also im Prinzip nichts Besonderes)
Von dem Benchmark kannst du auf der Systempartition nichts Besseres erwarten. Wie du schon sagst, da läuft Windows nebenbei, und ein bisschen fragmentiert wird das Laufwerk durch Windows auch sein. Den Test kannst du so vergessen - du siehst ja, dass es auf anderen Partitionen der selben Platte schon besser ist, an was soll das sonst liegen? Die anderen Partitionen liegen auf den selben Magnetplattern und werden mit den selben Leseköpfen gelesen.
Ich könnte mir auch noch vorstellen, dass die Partition C: vielleicht ganz hinten auf dem Laufwerk liegt (eigentlich komisch, aber es könnte sein). Wenn dem so ist: hinten (also innen) werden Festplatten immer langsamer, das ist normale Physik.
Die Systempartition sollte deshalb immer ganz vorne (also außen) auf der Platte liegen, wo die Geschwindigkeit am höchsten ist.
Aber für einen aussagekräftigen Benchmark musst du die Platte in ein anderes System einhängen und sie komplett frei von Zugriffen ausschließlich benchen, und das am besten auch ohne, dass Daten darauf liegen (wegen der Fragmentierung)