Ursache kann eine weitere installierte Mod sein.
Nicht jede Mod ist 100% sauber erstellt, und kann Einfluss auf die bereits installierten Mods nehmen.
Wenn man danach abspeichert, bleibt das Problem erhalten, selbst wenn man den Verursacher wieder deinstalliert hat.
Du hast doch sicherlich nicht nur eine Savegame-Datei, sondern eine ganze Reihe davon?
Geh einfach mal mehrere zurück, bis du zu dem Punkt kommst, wo die Meldung nicht mehr auftaucht.
Dort findest du dann auch die Ursache des Übels, also den Zeitpunkt der Installation des Verursachers (Mod).
Ab da kannst du dann weiterspielen.
Der Rest der Savegames sind für die Tonne.
Du kannst aber auch mal auf NEXUS schauen.
Dort findet man auch Tools zum reparieren von zerstörten Savegames.
Wunder darfst du dir davon aber nicht erwarten.
http://skyrim.nexusmods.com