Ich klone mit Linux (Befehl dd) auch verschlüsselte Systeme, alles wunderbar. Ob Festplatte oder SSD, das ist völlig egal. Die gesamte Datenstruktur bleibt dadurch unangetastet. Nur Größenänderungen der Partition gehen bei Verschlüsselung nicht, da muss man erst entschlüsseln. Wichtig ist, dass das Alignment des Quelldatenträgers bereits stimmt, aber das ist nur bei Uralt-Partitonen, die noch mit XP erstellt wurden, nicht der Fall. Meine Systeme setze ich allerdings von Zeit zu Zeit per Image auf einen sauberen Ausgangszustand zurück, "Altlasten" schleppe ich dadurch kaum mit.
Windows 10 habe ich einerseits sauber neu installiert, aber auch als einfaches Upgrade (beim Spielesystem) von Windows 7 gemacht, beides ohne Probleme. Dafür, dass jeder neue Grafiktreiber beim Update den Soundkartentreiber rausschmeißt, kann die Art der Installation nichts, das liegt mit an Windows 10 mit seinen Zwangs-Updates.