Der einzige Grund ist der offensichtlichste, nämlich ein niedrigerer Preis.
Sekundär könnte man die 98ct noch von den 97 oder 96ct abgrenzen, da das die anzahl an zurückzugebenden Münzen erhöht, wenn der Kunde einen ganzzahligen Eurobetrag hinlegt. Ob 1 oder 2 ct Rückgabe, ist eine Münze, bei 3 oder 4ct wäre es mehr Arbeit.
Kauft man mehrere 99 oder 98 Cent-Produkte, verhält es sich so: 99ct-Produkte bewirken pro Produkt -1 in der Centzahl, 98ct-Produkte -2. Die "bösen" letzten Ziffern sind 7,6,4,3,2,1. Die 99ct-Produkte treffen 7/10, die 98ct-Produkte 3/5, sind somit bei größeren Einkäufen tatsächlich minimal besser. Praktisch jedoch kommt noch hinzu, dass 1 und 2 der absolute Overkill sind, da sie mit jeweils 3 Münzen die meiste Rückgabearbeit verursachen.
Letztlich hat es jedoch wohl kaum Auswirkungen, ob 98 oder 99ct. Andere Beträge machen einfach aufgrund des Einzelartikelkaufs wenig Sinn, der ja durchaus vorkommt.
Edit: Man müsste mal durchrechnen, welcher Centbetrag nach 00 in Berücksichtigung auf die durchschnittliche Anzahl an Artikeln pro Kauf der geeignetste im Hinblick auf minimales Rückgeld wäre. Mal schauen, vllt hab ich da Lust zu, vorrausgesetzt ich finde statistische Erhebungen zur Artikelanzahl.